Il est sous les feux de critiques, accusé de tout et de son contraire. Le recensement des fonctionnaires en cours est attaqué sur le fond et la forme. Ces derniers estiment que les questions sont trop nombreuses et manquent d’objectivité. On se perd dans les détails, « c’est l’arbre qui cache la forêt ». 
Les syndicalistes dénoncent des questions qui s’attaquent à la vie privée et d’autres qui risquent de compromettre la cohésion sociale. C’est entre autres celles en rapport avec l’ethnie du fonctionnaire, son numéro de compte bancaire, ses sources de revenus, sa géolocalisation, sa satisfaction ou non des prestations syndicales. Pour eux, ces questions dérangent et cacheraient d’autres mobiles. « C’est une atteinte délibérée à la liberté syndicale. Ils veulent dresser les membres contre leurs représentants syndicaux » D’autres parlent d’une bonne initiative mais mal faite.
Pourtant, ce recensement ne devrait pas laisser de place aux interprétations, aux spéculations. Pour moderniser la fonction publique, l’Etat est dans son droit de recenser ses employés afin d’améliorer la gestion des finances et des ressources humaines. Le recensement lui permet de disposer de données fiables et actualisées sur le personnel en écartant notamment les emplois fictifs ou frauduleux. Une analyse minutieuse du contenu du questionnaire prouve que le recensement donnerait au gouvernement burundais une meilleure visibilité des effectifs et une maîtrise accrue des soldes mensuelles.
Je pense que ce recensement permettrait de trouver des solutions à certains problèmes qui minent le service public en vue d’assurer les meilleures conditions de travail.
Je crois qu’il y avait un grand travail pédagogique à faire en amont pour éviter les appréhensions des fonctionnaires et leurs syndicats. Des échanges entre le ministère et leurs représentants sur les objectifs et la méthodologie à mener pouvaient par exemple prévenir les incompréhensions. Il n’est pas tard. Je fais mien le synopsis d’une étude d’un haut fonctionnaire onusien : « Une administration publique professionnelle et efficace requiert des fonctionnaires compétents, motivés et neutres dans un système tout entier orienté vers la satisfaction de l’intérêt public. »
