Le Général Alain-Guillaume Bunyoni est né en 1972 en commune Kanyosha de la province Bujumbura. Après sa scolarité primaire entre 1978-1984 à l’école primaire de Kanyosha, il poursuit ses études secondaires successivement au lycée de Rohero (1985-1990) et au lycée de Rutovu (1990-1993). L’année suivante, Alain-Guillaume Bunyoni entre à l’Université du Burundi, mais n’ira pas au bout de son parcours académique et rejoint la rébellion du Cndd. Il reprendra les études par correspondance après le cessez-le-feu de novembre 2003 et aura un diplôme supérieur délivré par l’école biblique Emmaüs.
A la suite de la signature du cessez-le-feu en novembre 2003 entre le mouvement Cndd-Fdd et le gouvernement de Transition, Alain-Guillaume Bunyoni sera nommé entre 2004 et 2005 coordinateur de l’Etat-Major Général intégré de la police nationale.
De 2005 à 2007, le Général Bunyoni devient Directeur Général de la Police nationale. Il sera ensuite nommé aussi ministre de la Sécurité publique entre novembre 2007 et novembre 2011 et occupera le même poste à partir d’août 2015 jusqu’à son approbation comme Premier ministre.
Le Général Bunyoni a été chef de cabinet civil du Président de la République de novembre 2011 jusqu’à novembre 2014 et Secrétaire permanent du Conseil National de Sécurité et Chancelier des Ordres nationaux de la République du Burundi de novembre 2014 au 24 août 2015.
Le Premier ministre approuvé a été de 2007 jusqu’en 2009 président du Conseil des ministres des Etats membres du Centre Régional sur les Armes légères (RECSA) dans le cadre de la Déclaration et du Protocole de Nairobi sur les armes légères et de petit calibre.